La Fundación desarrolla un programa de exposiciones temporales conjuntamente con la Autoridad Portuaria de Valencia, que se celebran en la Sala de Exposiciones del Edificio del Reloj del Puerto de Valencia. Con el fin de propiciar el acceso de todo el público a las exposiciones, las muestras temporales, de acceso gratuito, están abiertas al público todos los días, tanto laborables como festivos, de 11 horas a 14 horas y de 17 horas a 21 horas.
La trayectoria de la sala está centrada en el redescubrimiento del arte valenciano del siglo XIX y primera mitad del siglo XX, y de las facetas más desconocidas por la ciudadanía en general de los artistas representados.
Las dos primeras exposiciones llevadas a cabo por la Fundación Valenciaport junto a la Autoridad Portuaria de Valencia, han sido:
Los catálogos de la mayor parte de estas exposiciones también pueden ser consultados en el Centro de Documentación de la Fundación Valenciaport.