Desde su inicio la Fundación Valenciaport ha tratado de buscar un equilibrio entre su consolidación como centro de investigación de excelencia en el ámbito internacional y, desde una óptica más aplicada, como centro de reflexión y generación de ideas para la comunidad logístico-portuaria de Valenciaport.
Tiene unas líneas de investigación que se concretan en cuatro Programas de Actuación:

§        Logística e Intermodalidad:
Incidiendo en los aspectos que afectan a la competitividad internacional no sólo en el ámbito marítimo portuario, sino trascendiendo hacia la logística de los sectores productivos y el desarrollo de infraestructuras logísticas.

§        Economía del Transporte:
Desarrollando proyectos de I+D+i en materia de elección modal, costes de transporte, short-sea shipping y, en general, análisis de la oferta y demanda de transporte.

§        Planificación y Desarrollo Portuario:
Fomentando la investigación en el ámbito del transporte marítimo y los puertos y poniendo a disposición de otras comunidades portuarias el Know-How acumulado en el Puerto de Valencia, y contribuyendo así a la internacionalización de la comunidad logístico-portuaria española.

§        Tecnologías de la Información:
Desarrollando proyectos que faciliten la implantación de tecnologías innovadoras al servicio del transporte marítimo, incorporando la experiencia acumulada en el desarrollo tecnológico de Valenciaport.